Tổng cục thuế cho biết dù chính sách về quản lý thuế đối với kinh doanh TMĐT đã có nhưng chưa có quy định cụ thể về chính sách và quản lý thuế đối với các đối tượng đặc thù, dẫn đến phát sinh vướng mắc trong việc xác định thuế suất, hình thức khai thuế và trách nhiệm của các công ty đối tác và nhà cung cấp trên nền tảng trực tuyến nước ngoài. Chẳng hạn như Google có 5 công ty đối tác tại VN làm nhiệm vụ quản lý các kênh Youtube tự sản xuất nội dung số để kiếm tiền tại Việt Nam. Các công ty này sẽ nhận tiền quảng cáo, chuyển cho Google và nhận hoa hồng. Tuy nhiên, các công ty đối tác chỉ có thể khai thay, nộp thay nếu có quy định cụ thể về chính sách thuế. Chính vì vậy, các đơn vị này kiến nghị cơ quan thuế cần có quy định hướng dẫn cụ thể để các công ty đối tác trong mọi trường hợp sẽ khấu trừ thuế trước khi trả cho chủ kênh. Tương tự, hiện có nhiều cá nhân sản xuất công cụ trực tuyến, ứng dụng số cung cấp trên kho ứng dụng của Apple store có phát sinh thu nhập do khách hàng truy cập và tải ứng dụng về sử dụng có thu phí hoặc miễn phí chỉ nhận tiền quảng cáo. Theo phản ánh, phía Apple có đề nghị cơ quan thuế ủy quyền khấu trừ nộp thuế cho cá nhân theo một tỷ lệ cố định.

Tổng cục thuế thừa nhận quản lý thuế đối với TMĐT là nội dung khó. Để hỗ trợ doanh nghiệp (DN) thực hiện tốt việc kê khai nộp thuế đối với TMĐT, các vụ của Tổng Cục thuế xây dựng cổng thông tin điện tử riêng hỗ trợ việc kê khai, nộp thuế đối với hoạt động TMĐT, đồng thời phải có phiên bản tiếng Anh. Các đơn vị chức năng cần làm việc với Bộ Thông tin truyền thông để cung cấp dịch vụ chữ ký số cho các tổ chức, cá nhân có hoạt động giao dịch xuyên biên giới. Ngoài ra, các đơn vị cần nghiên cứu quản lý những DN vừa cung cấp dịch vụ, vừa bán hàng qua biên giới như Amazon, các hộ cá nhân bán hàng trực tiếp qua mạng. Bên cạnh đó, ngành thuế cần mời các đơn vị có liên quan đến làm việc hướng dẫn cụ thể về chính sách thuế. Để có cơ sở tính thuế sát với thực tế phát sinh, các đơn vị cần nghiên cứu cơ chế mua cơ sở dữ liệu từ nước ngoài và chia sẻ dữ liệu với các cục thuế. Cơ quan thuế cần tăng cường phối hợp với NH thương mại cung cấp thông tin, qua đó nâng cao hiệu quả công tác quản lý đối với các giao dịch TMĐT.