Theo UBND TP.Hà Nội – chủ đầu tư (CĐT), dự án được chia thành 9 gói thầu chính, khởi công từ tháng 6.2010, sau hơn 10 năm mới đạt 62% khối lượng, trong đó, đoạn đi trên cao đạt 73,28%. Mục tiêu Hà Nội đặt ra là dự án phải khai thác đoạn trên cao trong năm 2021 và toàn tuyến vào năm 2022, dù theo kế hoạch ban đầu, dự án hoàn thành vào tháng 9.2017.

Đáng chú ý, do dự án phát sinh thời gian, các nhà thầu quốc tế yêu cầu CĐT bổ sung chi phí rất lớn. Cụ thể, gói thầu xây lắp CP01 ký với Công ty TNHH Dealim (Hàn Quốc), thời gian thực hiện 30 tháng từ ngày khởi công (4.7.2014), tối đa sau 30 ngày kể từ ngày khởi công nhà thầu được quyền tiếp cận công trường. Song, do vướng mắc về giải phóng mặt bằng và di dời công trình, CĐT đã chậm bàn giao mặt bằng khoảng 18 tháng so với cam kết. Cùng với vướng mắc khác trong quá trình lựa chọn nhà thầu và thủ tục tạm ứng, gói thầu CP01 phải kéo dài thời gian thực hiện hợp đồng là 26,5 tháng. Nhà thầu Daelim đã đề nghị phía Hà Nội bổ sung 19,1 triệu USD từ đầu năm 2018. Sau một thời gian dài đánh giá, tham vấn các đơn vị tư vấn, giá trị bổ sung do kéo dài thời gian thực hiện gói thầu này được tạm chốt là 6,6 triệu USD, giảm 12,5 triệu USD so với kiến nghị của nhà thầu.

Ngoài gói CP01, CĐT cũng phải thống nhất kéo dài thời gian thực hiện thêm 21 tháng so với hợp đồng gốc và bổ sung 1,47 triệu EUR chi phí cho Công ty Colas Rail (Pháp) tại gói thầu CP07. Do quá trình đàm phán kéo dài nhiều tháng không thống nhất, nhà thầu này thậm chí nhiều lần có văn bản thông báo ý định dừng thi công để gây sức ép với CĐT. Các gói thầu khác như CP02 cũng phải kéo dài thời gian thực hiện thêm 24 tháng. Giá trị bổ sung mà nhà thầu Posco E&C (Hàn Quốc) yêu cầu cho việc hoàn tất gói thầu CP02 là 7,22 triệu USD. Hiện tư vấn và CĐT đang trong quá trình đánh giá, đàm phán với nhà thầu…

Theo ông Nguyễn Thế Hùng, Phó chủ tịch UBND TP.Hà Nội, các chi phí phát sinh này trong dự toán các gói thầu, không vượt giá trị dự toán và tổng mức đầu tư được phê duyệt. Tuy nhiên, việc bổ sung này chưa được quy định cụ thể và chưa có tiền lệ, việc đàm phán thời gian qua đều phải dựa vào mẫu hợp đồng FIDIC và tư vấn thẩm tra Systra (Pháp). Vì thế, đến nay CĐT chưa thể thanh toán chi phí bổ sung và đề nghị các nhà thầu chờ kết quả kiểm toán dự án của Kiểm toán Nhà nước, mới thanh quyết toán.

Tuy nhiên, các nhà thầu đều không chấp thuận và yêu cầu thành lập ban hòa giải, tiến tới khiếu kiện vấn đề này lên trọng tài quốc tế, đồng thời, dừng huy động công trường nếu việc thanh toán không được giải quyết sớm.