Theo đó, về việc thực hiện nhiệm vụ tuyển sinh đào tạo, một số trường thành viên thuộc ĐH Huế và Trường ĐH Luật TP.HCM có một số học viên trúng tuyển sau ĐH chưa đảm bảo điều kiện ngoại ngữ, kinh nghiệm công tác theo quy định. Trường ĐH Kinh tế TP.HCM đào tạo thạc sĩ kinh tế khóa K20 vượt quá thời gian 1 năm theo quy định.

Trong tuyển sinh và đào tạo ĐH chính quy, liên thông CĐ lên ĐH, một số đơn vị tuyển sinh vượt chỉ tiêu được giao. Trường ĐH Nông Lâm (ĐH Huế) không được giao chỉ tiêu vẫn tuyển sinh liên thông CĐ lên ĐH chính quy năm 2011 với 110 sinh viên. Trường ĐH Ngoại ngữ (ĐH Huế) mở ngành đào tạo bậc ĐH văn bằng 2 chính quy nhưng chưa được sự đồng ý của Giám đốc ĐH Huế. Trường ĐH Ngoại ngữ thuộc ĐH này cũng đào tạo ĐH liên thông chính quy năm 2011 vào cuối tuần và buổi tối, không đúng thời gian quy định. Cũng tại ĐH Huế, Trung tâm đào tạo từ xa tuyển sinh vượt chỉ tiêu được phê duyệt (năm 2011 vượt 53,7% và năm 2012 vượt 11,48%).

Nhiều trường ĐH còn vi phạm quy định trong liên kết đào tạo với nước ngoài. Trường ĐH Nông nghiệp Hà Nội chương trình liên kết đào tạo với Hội đồng liên ĐH Cộng đồng Pháp ngữ (Bỉ) có 7 học viên chưa đảm bảo điều kiện ngoại ngữ. Trường ĐH Luật TP.HCM có một số học viên trúng tuyển không đạt yêu cầu về trình độ ngoại ngữ, học viên đã tốt nghiệp đều không thực hiện việc làm luận văn tốt nghiệp theo Quy chế đào tạo thạc sĩ ban hành năm 2008.

Trường ĐH Kinh tế TP.HCM có chương trình đào tạo cao học được Bộ phê duyệt đến nay 20 năm nhưng chưa làm thủ tục gia hạn chương trình đào tạo, bổ sung các quy định về tiêu chuẩn, điều kiện dự tuyển phù hợp với chương trình đào tạo quốc tế bậc sau ĐH. Riêng khóa 18 (năm 2012) 100% học viên không có chứng chỉ ngoại ngữ. Trường ĐH Kinh tế TP.HCM còn liên kết với ĐH Victoria (Úc) đào tạo cấp bằng cử nhân kinh doanh (năm 2012 khóa đào tạo IBBus 3.1), có 34/52 học viên không có chứng chỉ ngoại ngữ…

Qua kiểm tra 23 gói thầu thi công của 17 dự án với tổng giá trị trúng thầu và đã được ký hợp đồng thi công xây lắp trên 503,5 tỉ đồng của 5 đại học trên, TTCP phát hiện tổng giá trị sai phạm phát hiện và loại ra khỏi giá trị trúng thầu, thanh toán, quyết toán công trình là 6,8 tỉ đồng; trong đó giá trị phải thu hồi của các nhà thầu trên 969 triệu đồng.

Thanh tra Chính phủ cũng kết luận Bộ GD-ĐT ban hành quyết định giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm đối với các đơn vị sự nghiệp rất chậm. Điều này không phù hợp với xu hướng phân cấp, tăng cường tính tự chủ, tự chịu trách nhiệm của các đơn vị. Việc kiểm tra giám sát thực hiện nhiệm vụ tại các đơn vị sự nghiệp của Bộ còn hạn chế, các sai phạm tại những đơn vị trực thuộc chưa được phát hiện và chấn chỉnh kịp thời.